Dea cuerdo con la crónicas la construcción de esta iglesia se inicio 1666, bajo el nombre de santo tomas de Villanueva, cuando era gobernador de Cartagena don Brito de Figueroa y Barrantes. La obra que había sido comenzada por Antonio Sanz Lozano, quedo paralizada en la fase e lo cimientos hasta que Don Gregorio de Molledo y Clarque descubrió los vestigios y considerando la necesidad del templo renaudo la obra sobre parte de los viejos basamentos.
Entre sus reliquias aun conserva el retablo principal del tempo que es la única pieza barroca religiosa de Cartagena.
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